A pesquisa destaca as metas do Programa de Aperfeiçoamento do Sistema Único de Saúde (SUS) do Plano Plurianual (PPA) federal 2012-2015 com insuficiência de desempenho na execução física. São descritos os instrumentos para planejamento e monitoramento federais de políticas de saúde e identificadas as potenciais causas de insuficiência de desempenho. O estudo identificou indicadores gerais do programa com problemas a serem monitorados e os objetivos com as maiores insuficiências, em geral associadas a metas de estrutura e resultado, alterações nas políticas públicas e restrições orçamentárias e financeiras. Foram observadas situações em que causas gerenciais e redução de recursos empenhados em relação aos valores autorizados poderiam justificar o desempenho físico insuficiente. A superação dos problemas identificados pode ser favorecida pela ampliação da transparência dos dados de monitoramento e pela instituição de meios para relacionamento da execução de metas físicas com a execução orçamentária em futuros PPAs. Palavras-Chave: Brasil. Planejamento. Sistema Único de Saúde. Metas.